Как сдвинуть код, получаемый после компиляции Си-программы, в верхние адреса, то есть чтобы старт ATmega был не с нулевого адреса, а с 0х100? Имеется в виду, какую инструкцию надо включить в листинг Си-программы или в Makefile.

А зачем? Аппаратно старт всегда осуществляется с 0 адреса либо с адреса бутлоадера.

Либо использовать --section-start (см. FAQ в папке документации), либо (что мне кажется более правильным) скопировать скрипт линкера в папку проекта, поправить его как нужно и указать этот скрипт линкеру (-Wl,-T,<имя скрипта>)