сабж.
с программированием скорее всего все весьма просто, а вот с отладкой.

несмотря на выше сказанное прошу выражать мысли по обоим пунктам.

Пока ничем...
JTAGICE-MKII единственный отладчик поддерживающий этот чип.

но это pin-to-pin совместимый чип с m128. так что впринципе можно пойти двумя путями.
1. сделать отладочное устройство с m128 и отлаживать программу по частям через клон JTAGICE.
2. приобрести MKII

ну айс2 есть, но есть некоторые нюансы, характера чей это айс2.
а как с прошивкой? кто умеет его шить?

Нюансов не должно быть, клона ICE-MK2 нет в природе пока.
Шить - из оригинальных тулзов умеют - STK500 (есть клон) / STK600 / AVRISP (есть клон) / AVRISP-MK2 , AVR-Dragon шьют все. JTAGICE-MK2 - шьет все чипы которые умеет отлаживать и через ISP и через dW и через JTAG.

из не атмеловских - AVR-DUDE, AVReal.

LEDом, printf-ом, симулятором...