Есть плата процессора (со встроенным MAC), находится ~20см от панели прибора. С точки зрения помехозищищенности, PHY+трансформатор+разъем лучше располагать как можно ближе друк к другу - на интерфейсной плате непосредственно у панели прибора... Между процессорной и интерфейсной платами сейчас соединение через плоский шлейф (1,27мм), зажатый в разъемы IDC (там и другие интерфейсы имеются).
Если по тому же шлейфу, чередуя сигнальные проводники с землей я запущу между платами RMII для Ethernet 10/100 ничего криминального не произойдет? Какие-то меры дополнительные принимать надо?
Или лучше не заморачиваться, пуская 50МГц по шлейфу (опять же, это отрицательно отразится на помехоустойчивости интерфейса), а расположить все на плате процессора, от которой до разъема панели обычной витой парой?

Я бы выбрал второй вариант, как потенциально менее проблемный.

Длинный шлейф опасно. Было устройство с шлейфом около 30 см и тактовой частотой 40 МГц. Без триггеров шмидта на приеме работать было не возможно из-за перекрестных наводок. В шлейфе через провод была земля.