Вот прочел описания мк возник такой вопрос по поводу программирования этих мк.
Для программирования по ЮСБ нужен кварц 18,832 , а для работы ЮСБ, в режиме работы 12мгц.
Получается и работать и программировать не получится с одним кварцем.?

http://www.gaw.ru/html.cgi/txt/doc/micros/...rh_sam7s/22.htm здесь про кварц 18,8мгц

http://www.gaw.ru/html.cgi/txt/doc/micros/...rh_sam7s/35.htm

Вы не поняли. Из 18.432 на PLL получается 48МГц, а из них модуль UDP сам получает 12МГц. Что в режиме программирования, что в режиме работы. В рабочем режиме вы можете получить 48МГц при помощи PLL и из другого кварца, а вот в режиме программирования загрузчик настраивает PLL только под 18.432.

Это кто такую чушь сказал... Для работы USB необходимо, чтобы на него подавалась одна из частот 48, 96, 192 Мгц

Вот и настраиваете коэффициенты ФАПЧ, чтобы из 18,832 получить одну из этих частот.

Смотрите примеры с сайта атмела, там всё есть.