При назначении вывода данных для altlvds_rx на вывод глобального тактирование ПЛИС квартус ругается
Error: Can't place pin "RD[0]" with an I/O register at location 21 that does not support I/O registers
А мне нужно стандарт LVPECL и он доступен только на входах глобального тактирования (судя по описанию на Циклон). Может быть возможно как нибудь обхитрить его?

А как вы его обхитрите, если там физически нет аппаратуры, которую вы хотите? Нету ножек, у которых одновременно есть LVPECL и входной триггер в ножке.