Насколько я понимаю данная реализация (http://elm-chan.org/fsw/ff/00index_e.html) полноценно работает только с 512 байт секторами (страницами).
Сходу не получается запустить на 1024.
Кто либо выполнял эту процедуру? Работаю с 0.06 версией. Подключаю к sam7s256 at45db642d через SPI

ИМХО, проще поделить каждый сектор датафлешь на два "виртуальных" по 512, чем перелапачивать всю ФС. Заодно, если понадобиться масс-сторадж сделать, не будет лишних проблемм.