1. Найти и почитать книгу PCI System Architecture.
2. Вдумчиво изучить стандарт шины PCI.
3. Взять на opencores.org реализацию ядра и изучить ее, это если есть опыт работы с HDL-языками. Если такого опыта нет, то скачать документацию на какой-нибудь PCI-мост (например, PLX PCI9030 или PCI9052), описание RDK и внимательно их изучить.
PS: Еще, как вариант, можно начать с книги PCI Bus Demystified, которую можно скачать
здесь.