Создал разъём в своей библиотеке. Установил его на схему. При апдейте в PCB пишет: Unknown pin ...
и указывает на пины этого разъёма.

ЗЫ. поиском смотрел, есть подобная тема про протел, но там так решение и не огласили - у кого-то получилось, у кого-то нет.

Так ить посадочное место не забыли подключить? Само оно не найдется.

ммм. когда на схему устанавливал этот элемент, то взял его из MiscellaniusConnector, затем открыл свойства и назначил Footprint из своей библиотеки(тот, что сам нарисовал). Правильно? В итоге элемент появился на плате, а вот к пинам ничего не подсоединилось.

Правильно. Но есть 2 пункта
1. Ваша библа должны быть инсталлирована. Я думаю это так.
2. Названия PIN и PAD должны совпадать. Я думаю у Вас это не так
Значит или назовите правильно или через PIN MAP при подключении посадочного места дайте соответствие номеров PIN MAP

У меня смутное подозрение что нумерация PIN идет последовательно 1 2 3 4 5

А PAD у вас нумеруются А1 А2 А3

верно. не знал такого нюанса. спасибо.

ЗЫ. переименовал теперь в библиотеке пины элемента и вместо A1-6 и B1-6 присвоил им просто 1-6... очевидно теперь надо как-то обновить элемент на схеме...

Все обновил.
Tools->Update From Libraries