Цитата
Может быть что эта проблема связано с применением в приложении SPI?
Нет, SPI здесь не при чем. Разве что при подключении программатора при неверной схеме может возникнуть конфликт на ножке контроллера MOSI.
Цитата
но в режим программирования не входит, только при наличии внешнего генератора.
При этом герерация на внешних XTAL1, XTAL2 все еще присутствует?
Но я бы сделел следующее:
1. Проверить/пропаять землю(обе) и питание Vcc
иAVcc, проверить напряжение питания.
2. Проверить наличие резистора с SCK на землю
3. Проверить RC-цепь (в случае наличия) на сбросе (Для AVRISP atmel рекомендует резистор не менее 4к7)
4. Проверить частоту программирования по SPI
5. Если к ногам MISO, MOSI, SCK подлючена большая емкостная нагрузка, то последовательно с ней поставить резисторы (у меня ISP отказывался работать при подлюченных 4х TPIC6B595)
6. Ну, и само собой, проверить соединения с программатором. Может земля где не контачит и т.п.