Создал в PCB Editor-e shapes sot232, sot232_msk. Затем в Pad_Designer-e
Geometry->Shape
Shape -> соотвественно вышеприведенные имена для слоев BEGIN LAYER и SOLDERMASK_TOP.

В полях Offset X и Offset Y появляются цифры отличные от 0 --> контуры пада и паяльной маски накладываются неправильно.

В мануале сказано:

Offset
Specifies the x and y coordinates that indicate how far the pad origin shifts from the pad center (0,0).

Как сделать выравнивание ????

Выложите в форум созданные вами shape's. Тогда уже что нибудь определенное можно будет сказать.

точки 0.0 в sot232 sot232_msk shapes должни совпадать и находиться
в центре shapes (ofset x,y = 0.0).

Или ввести не нулевые значения ofset x,y для совмещения shapes.