Открыл AVRISPII и обнаружил там обычную ATmega128. А как он работает с USB? Может есть какие-то интерфейсные микросхемы, не обязательно ставить AT90USB*? А то что-то не хочется, уж больно много там лишнего.

Есть программные реализации USB - легко отыщите, например, у того же Atmel'а. Вот, только, ресурсов МК сколько Вы готовы на это отдать? Хватит ли оставшихся для "полезных" действий? Ну, и скорость обмена по USВ высокую не вытянуть...

P.S. Есть ещё м/с преобразователей USB - UART

Врят ли атмел в своем программаторе применил софтовый USB, скорее 777777 не заметил рядом какую нибудь микросхему ЮСБ-моста. А вообще программные реализации есть, можно тут посмотреть http://www.obdev.at/products/avrusb/powerswitch.html

Точно, есть! PDIUSBD12

Что-то я плохо себе представляю, как с помощью 16-20 МГц процессора можно программно работать с 12 МГц сигналом.

Full Speed при программной реализации никто не обещает

Там Low-Speed , 1,5МГц который