Подскажите пожалуйста как настроить проект по умолчанию, чтобы сразу после открытия нового проекта начать работу. В частноасти, куда нужно поместить borders.ini, speccomp.ini и им подобные, или где их прописать?

Стандартный последовательный путь поиска:
- в папке проекта
- по переменной WDIR
- $SDD_HOME\standard
т.е. если они лежат например в папке по пути WDIR то должны прочитаться.
Другой путь:
В DxD2007 вы создаете новый проект на шаблоне. Шаблоны лежат в $SDD_HOME\standard\templates\dxdesigner\expedition\
Откройте default.prj в текстовом редакторе и увидите его настройки. Скопируйте его под другим именем и сделайте нужные вам изменения. При создании нового проекта будет возможность выбрать ваш шаблон.