В регистре CTC должен храниться счётчик долей секунды. Обещано было что он 15 бит, соответственно пробегает от 0 до 32767. Я в старых своих проектах тупо его умножал на 1000 и сдвигал вправо на 15 бит чтобы получать значение миллисекунд. Но вчера обнаружил что он добегает от 0 до 65535. Во дела!

Другая странность - во время работы процессора от VCC замыкаю часовой кварц и время не останавливается, а начинает бежать намного быстрее чем раньше. Раз в пять быстрее.
Третья странность - не могу запустить работу часов от PCLK, а не внешнего кварца. Устанавливаю CCR = 0x01 и часы просто останавливаются. Хотя хранят старые значения часов, минут и т.д. В PREINT и PREFRAC я естественно прописал нужные делители.