1) Флеш перед записью нужно иногда стирать

2) если программируешь "на проводках", а не разъемом - землю программатора надо цеплять поближе к меге. И
обязательно заземлять компьютер и программируемое устройство
до подключения программатора в схему!
3) если мега запитана на 3.3В и ниже, возможны траблы с чтением в некоторых 5В-программаторах
4) также траблы возникают, если мега имеет внешний такт (или кварц) 32 кГц - не успевает отвечать (покрути скорость в программаторе)
5) если на Ресет висит сильная подтяжка или конденсатор - будут ошибки в записи и чтении
6) то же самое, если на ISP- ногах имеются потребители (особенно обесточенные)
7) Выработан ресурс FLASH (ок. 1000 циклов записи)
8) И, наконец, действительно сгорел чип - но тогда с него вообще не считаешь...
Короче, причин уйма.