Прошу меня извинить, что выпал из дискуссии на пару недель. Все-таки ничто так не загружает, как необходимость одновременно работать и оформлять кредит в банке.

Итак, если еще не поздно, попробую все-таки высказать свои соображения.
По всему похоже, что ваша команда впервые приступает к работе с подобными полосами частот и вытекающими из них требуемыми пропускными способностями тракта PCI card - PC memory. Значит, так или иначе, то, что вы будете пытаться делать по первому разу, должно содержать в себе какие-то черты evaluation board (в определенном смысле). Ведь вы же будете и обучаться в том числе работе в таких условиях, верно? А тут можно очень легко "найти" немало граблей, и чтобы не начинать все сначала где-нибудь в середине проекта, лучше подстраховаться и "накрыть" в схеме платы несколько возможных направлений дальнейшего развития событий. Мне кажется, что на поверку это выйдет не так уж страшно с любой точки зрения - и по цене, и по месту на плате, и по добавляемой сложности (учитывая, что вы уже собираетесь ставить на нее - Xilinx XC3S1500, быстрые ADC и т.п.).
Я бы на вашем месте поступил так.
PCI бы подключил с использованием PLX9054 (or PLX9056), и скорее всего, в режиме J. Тут, конечно, придется поработать с документацией на чип, чтобы разобраться, в каких режимах вам лучше его использовать, но там не бог весть сколько внешних сигналов - так что можно все сомнения решать в пользу "подключать к FPGA". Только тут не забывайте о возможной необходимости в pull-up or pull-down resistors. Кроме того, существуют refernce designs с открытой схемотехникой - изучайте и копируйте удачные решения при подключении узлов. Еще я бы особенно поинтересовался, как можно использовать режим запуска 2 внутренних DMA от неких аппаратных сигналов (встречалось вроде упоминание об этом) - такая штука вам может весьма пригодиться.
Далее. Все-таки я бы предусмотрел в схеме подключение SDRAM необходимого объема для буферизации. Всегда можно подыскать такую линейку чипов, которые будут pin compatible снизу вверх, и в то же время позволят вам варьировать объем устанавливаемой памяти. В конце концов, поначалу вы ее вообще можете не запаивать в надежде успеть прокачивать все приходящие данные в RAM, но предусмотреть место для нее и развести сигналы будет совсем не лишним. Я думаю, что скорее всего, она вам все-таки понадобится, вопрос только в объеме. И вот почему. Темп передачи по PCI, который вам потребуется в худшем случае (100 МБ в сек) - уж слишком велик для PCI 32/33. Наш опыт говорит, что даже при упоминавшихся мной где-то в начале дискуссии спецнастройках какая-то осмысленная "жизнь" на машине возможна только, если наша спецплата не будет пытаться передавать по шине более 70-75 МБ/с. Далее - жизнь замирает. Возможно, конечно, что суперсовременные P4 платы несколько улучшили эти показатели, но не думаю, чтобы настолько, чтобы комфортно чувствовать себя при 100 МБ/с. При этом надо еще сказать, что все это происходило на Linux машинах, где есть возможность гибко подстраивать конфигурацию под свои нужды. Windows-машина, скорее всего, перестанет подавать признаки жизни еще раньше. И еще не совсем понятно, можно ли там провести упоминавшиеся настройки, позволяющие осуществлять длинные и сверх-длинные пакетные транзакции по PCI.
Что еще? Пожалуй, я бы еще в схемотехнике предусмотрел некоторый минимум внешних компонентов и связей, необходимых для использования какого-нибудь soft-core CPU (RAM (лучше отдельное от вашей буферной памяти), место для Flash, JTAG, RS-232 (достаточно вывести его на 2х5 header, без DB-9)). Рано или поздно это вам пригодится - не в этом проекте, так уже в следующем. Я, правда, не знаком с Xilinx'овским soft-core CPU - мы пока больше с Alter'овским NIOS II работаем. Но думаю, черты у них во многом схожи, так что вещь может оказаться полезная несмотря на наверняка имеющиеся недостатки (например, для осуществления общего управления и интеграции потоков данных на вашей плате в будущем, когда будет более интеллектуальная обработка в FPGA). Советую присмотреться и примерить на себя, короче.
Думаю, для начала достаточно. Надеюсь, что в дальнейшем отвечать удастся быстрее (если, конечно, у вас еще будут вопросы :-)).