Может ли LPC 2468 выполнять программу из внешнего ОЗУ, при чем это SDRAM?
Предпологается, что во встроенной флеши лежит загрузчик, он грузит программу из внешней флешки в SDRAM и передает ей управление. Можно ли при этом так же использовать эту SDRAM для нужд программы совместно со встроенной ОЗУ? Есть ли здесь какие то грабли?

Может. Можно.
Каких-то страшных грабель не встречал....

Есть грабли в виде отсутствующего кэша. Производительность упадет в разы при работе из SDRAM.

Ну и ещё надо Вам самим сначала продумать какую память как использовать, а потом реализовать эти идеи. Вариантов много, зависит от задачи, и в общем случае, в процах без MMU, стандартных решений нет чтобы использовать два несмежных куска памяти не задумываясь что и где лежит.
Во внутреннюю RAM как минимум стоит засунуть стеки...
Возможно написание собственного менеджера кучи, работающего с 2-мя (несколькими) кусками памяти и т.д.
в общем повозиться с сегментами придётся.