При автоматической заливке перекрывающихся полигонов меняется их конфигурация (например, при перемещении рисунка всей платы или обьединении нескольких плат в один проект). Видимо, меняется порядок заливки полигонов.
Подскажите, пожалуйста, как зафиксировать порядок заливки полигонов, или как еще иожно решить эту проблему. Спасибо.

Заливайте их вручную, в нужном для Вас порядке. В ПКАДе нет средств управления порядком их заливки.

Вручную и заливаю, но похоже при автоматической заливке меняется порядок их заливки. Может есть какой-то порядок - сначала внутренние или меньшие или еще что-то ?

Если у вас один полигон находится внутри другого, то разбейте внешний полигон на два, чтобы они "охватывали" внутренний.

В простом примере (polygon_1.pcb) приведен результат следующих действий :
порядок создания полигонов - +5V -> GND -> SIGN
порядок заливки - GND -> +5V -> SIGN
После перемещения всего рисунка получаем совсем другую картину (polygon_2.pcb), и зависимости результата от последовательности создания и заливки полигонов обнаружить не удается. Я уж не говорю о реальном проекте, там результат вообще непредсказуем.... Или у меня уже в этих трех соснах "крыша" едет ?

Ключевая фраза - "зависимости результата от последовательности создания и заливки полигонов обнаружить не удается". Ну не запоминает П-КАД порядок заливки... Единственный способ сделать нормально - не делать перекрывающиеся полигоны. Побить полигон на несколько частей с дыркой в середине, задать вручную форму и так далее.

Или - делать как делается, но перед созданием гербера обязательно проверить порядок и перезалить.

ЗЫ у меня приведенный файлы в П-КАДе не открываются...

А какая версия ПКАДа? В 2006-м есть: Options-Configure-Pour/Repour Option

PCAD 2004 SP3
Попробую в 2006-м.
Спасибо всем за помощь