Господа, я понимаю что вопрос наверное простой для профессионалов, поэтому прошу сразу не ругаться, Помогите , направьте с какой стороны подойти к решению проблеммы. Вот есть плата, на которой стоит процессор AT90S2313 с нормальной рабочей программой, таймер DS1302(ну и много ещё чего), Так вот после того как села батарейка таймер остановился кварц не генерит, понятно что для того чтобы запустить таймер нужно сбросить седьмой бит в регистре секунд.КАК это сделать? Есть программатор Тритон V5.7, он поддерживает внутрисхемное программирование микросхем, в том числе и AT90S2313, но если я подключусь к шине SPI то как мне обратиться именно к нужному регистру таймера?

лучше всего доработать программу в контроллере так, чтобы она в любом случае при старте устанавливала этот битик и будет вам счастье, внешним программатором тоже можно, но необходимо покрутится.

Во-первых, установку часов co сбросом того самого бита (halt bit) должна делать "нормальная рабочая программа", иначе как - вынули батарейку, вставили - часы сдохли? Или она запаяна?
Шина SPI - это не шина I2C ( у ATMELa - TWI). Программатором не должно получиться.

программаторы бывают разные, "твердые, жидкие и газообразные", есть программаторы, которыми можно писать и по "квардатной" шине, только необходимо знать, что писать и куда, куда все это подключить.

Обычно при установке времени этот битик сбросится автоматом - максимальное число секунд 59, и даже в BCD при этом 7-ой бит равен 0. Как Вы время устанавливаете?

Спасибо большое за ответы, проблема решилась банально просто. В программе контроллера всетаки уже была заложена процедура запуска таймера. При подаче питания на таймер в нем устанавливается значение времени 00:00 , и не запускается, через обычное меню аппарата установил текущее время, и таймер запустился, кварц начал генерить. Ещё раз спасибо за поддержку.