На плате есть микроконтроллер Atmega 16. Есть подозрения, что он не функционирует правильно. Идет сбой в управлении элементов, подключенных к нему. Как проверить, что он работает или нет? Как можно его перепрограммировать? Помогите пожалуйста! Очень надо!

Ты случайно не политик? Так много слов и ни одного по делу конкретно.

Судя по вопросу, вам не поможешь. Необходимы хотя бы средние знания и понимание функционирования всего устройства.

Представьте, что вы спрашиваете: " У нас есть ракета, и она в общем то летает, но немного не так. Как её переделать?"

Любая работа должна начиниться с постоноваки задачи, а далее уже о ваших возможностей, ваших ресурсов(лыдских и временных).
Вот и поэтому начиная что-то делаьь возьмите, хотябы листочик бумаги и разрисуйте ,роаспишите все
заипртив - и пве станет ясно .УСПЕхов!