как насчет такого варианта:
1)создать любую систему с ниосом-самую простую, с jtag и epcs
2)прочитать ug_nios2_flash_programmer(http://www.altera.com/literature/ug/ug_nios2_flash_programmer.pdf) - конкретно - страницу3-5
и в коммандной строке написать что-то типа:
nios2_flash_programmer --epcs --base=0xXXXXXX --read=имя_файла_куда_сохранять --read-bytes=0xYYYYYY,0xZZZZZZ
здесь 0xXXXXXX-адрес флешки
0xYYYYYY-адрес откуда начинать читать,в вашем случае 0
0xZZZZZZ - сколько байт читать-подставьте размер своей epcs
nios2_flash_programmer -стандартная утилита,входит в nios2eds
программа для ниоса не нужна для такой задачипойдет и такая
void main()
{
while(1);
}
насчет варианта с терминалом - будет проблемы с непечатаемыми символами