Сразу скажу отладчиками раньше не пользовался,программу отлаживал примерно так:
если в устройстве был дисплей то сначала писал для него код, или если порт для подключения к пк то для него и потом в программе вставлял код, который уже выводил или на дисплей или на комп
содержимое тех переменных которые хотел посмотреть. Сейчас должны привезти плату и детали ,
отладчик wiggler. девайс будет на at91sam7. Писать буду в eclipse yagarto. Возник такой вопрос:
что можно делать этим отладчиком, просто программировать флэш, в принципе флаш можно
запрограммировать и через usb. ?

JTAG интерфейс - это подключение напрямую (ну или почти напрямую) к ядру микроконтроллера. Таким образом, в режиме реального времени вы можете контролировать ход исполнения отлаживаемой программы, создавать в программе точки останова (в зависимости от микропроцессора кол-во точек и их тип рознятся, но это неважно), просто остановить ядро и посмотреть содержимое каждого регистра итп.
Всё это приятно делать из какой-то среды (IDE) для разработки типа Keil, IAR, Eclipse, Code Blocks, итп.
В общем полезнейшая штука :-).

Для связи IDE с Wiggler надо некую прослойку иметь (их много разных), под Windows это может быть, например, драйвер www.hjtag.com

А под Linux, с испоьзыванием Eclipse???

Если бы мне пришлось выбирать между таким способом отладки и wiggler'ом, то однозначно выбрал бы первый (что с успехом и применяю на самых разных архитектурах). Если все же хотите отладчик, то возьмите что-нибудь с USB интерфейсом.

OpenOCD

Я бы порекомендовал менее глючный отладчик MT-Link.
_ttp://electronix.ru/forum/index.php?act=attach&type=post&id=29427