1) есть ли в природе стандарты на кодирование NRZ со скремблированием?
2) Может есть способ выделения тактовой из кодировки CMI с помощью
импульсной PLL?

Фуух, нашел - G.957 "The optical line coding used for all system interfaces is binary Non-Return to Zero (NRZ), scrambled according to Recommendation G.707." (G.707 point 6.5 Scrambling!!!)