Если переделать компонент и переназначить полностью другой cells, то в существующей плате он не заменится на новый не смотря на Update calls & padstacks ничего не меняется. Или например поставить в свойствах компонента свап пинов то оно тоже не появится при апдейте. Как с этим бороться?

При изменении свойств Cell`а (например, добавлении свапа) нужно импортировать измененный Cell в проект через Library Services. А если вы назначаете новый Cell, то нужно обновить компонент в схеме (Update Device). После делать упаковку и аннотацию в плате.

setup - project integration попробуйте поставить rebuild local library data

Все сработало четко