Собственно, проблема в названии темы.
Полигон и дорожка принадлежат одной цепи. Как указать, чтобы он не отделял дорожку от полигона?

В настройках полигона есть три типа очистки. Первый в списке вроде ваш

Тогда уж второй - Pour Over All Same Net Objects

Вам виднее. Остальное настраивается правилами. Там много вариантов. И для вашего проекта этих 3 настроек будет не достаточно