Как изменить набор слоев, тот который выводится из меню Spreadsheet->Layers, а конкретно - удалить ненужные слои? Добавить можно, а удалить даже только что добавленный - нельзя.

И еще вопрос - при запуске выводится диалог с выбором каких-то опций, как отключить?

Изменить набор слоёв, ИМХО - никак. Где-то я про это читал, но не помню, где.
Буду рад, если кто-то опровергнет и научит.
Набор опций - это про лицензии? Кряк поменять.

если слои задать unused, то в нисподающем списке их не будет.

если в файле лиценции заремить (;) не нужные вырианты лиценций на лоеут и саптуре, он и спрашивать не будет