Нет у TWI в TWSR кода, соответстветствующего окончанию пересылки команды Stop (речь идет о Master`e). Если попытаться Start`овать пока Stop еще не закончилась, то вместо Stop`a co Start`ом получается Repeated Start. Кто-нибудь знает, как этого можно избежать без использования дополнительной задержки?

О, догадался тестировать флаг TWSTO. Он сбрасывается после стопа. Помогло, но не до конца. В 6 случаях из 100 все равно получается RepS почему-то. Что, неужели никто не сталкивался?

Наверное, не окончена обработка прдыдущего зароса.

Однозначно закончена. Именно по ее окончании и инициируется следующий

А чем плох Repeated Start?

Да сталкивались, конечно... В программе ошибка. Потому что 6 из 100 - очень странная статистика.
И, не зная ни типа МК, ни рабочей частоты, ни с кем он общается, ни даже на чём написана программа, не говоря уже об исходнике - кто что скажет?

Работайте по прерыванию не будет непредвиденных ситуаций.

Нет прерывания на stop, ибо stop выполняется безусловно, как дёргание ногой.
Чтобы не было ошибок надо корректно обрабатывать предыдущее событие ACK\NO ACK.
Тем не менее, после stop надо выдержать паузу согласно техническому описанию на ту МС, которой управляет наш мастер.