Проблема в следующем.. Есть компоненты, футпринты которых отрисованы встроенным мастером альтиума. При создании pcb и расположении компонентов друг над другом (на рис.1 - dd5, x4, dd13) альтиум не сообщает об ошибке, а с вот с другими компонентами сообщает, причем эти другие компоненты отрисованы вручную.
Пробовал сделать футпринт по новой (dd13), результат не изменился.. В чем может быть проблема? Как побороть?

Нужно сообщить хотя бы версию пакета, и в картинках включить все слои.
Скорее всего у Вас последняя версия, а в "плохих" корпусах не созданы Component Body

Версия, действительно, последняя.
По поводу component body не знаю.. когда начал туда копать, увидел, что у футпринтов есть "высота", которую я оставлял со значением 0, после выставления данного свойства. Все стало на свои места. Component body все равно создам.