В итоге удалось мне их реанимировать и восстановить работоспособность JTAG порта. Способ, с усилиями несколько неадекватными результату, но полезный в познавательном плане.

Как всё это было, по-порядку.
Сначала, я нашел в местной конторе доступный мне программатор HI-LO System ALL-11, умеющий работать с EPM7064S без JTAG. Но он мне ничем не помог, т.к. адаптер, нужный мне в комплекте отсутствовал, а соорудить аналог самому не представлялось возможным. Почему? Ответ дает найденная в Интернете фотография адаптера:
http://www.cpu.com.tw/kh/conn/icts/adp-7064s-pl44.htmlСам адаптер различные продавцы оценивают в 200-300 USD, меня эти предложения почему-то не соблазнили

Я не стал кричать «всё пропало…» и обратился в тех поддержку Альтеры с наглым запросом о предоставлении мне документации на параллельное программирование EPM7064S. После нескольких дней переписки малазиец расщедрился и согласился предоставить желаемое, но под подписку о неразглашении…
Я заполнил бланк о неразглашении, подписал и отправил письмом в цветастом новогоднем конверте

в Малайзию.
Наконец, через 20 дней я получил довольно объёмный файл. Но, после внимательного изучения обнаружилось, что файл по стилю изложения скорее напоминает заметки разработчика для собственного употребления, чем технический документ. И самое печальное, что все временные диаграммы, таблицы логических адресов отсутствуют, а вместо них под соответствующими заголовками рекомендации обращаться за информацией к субъекту по имени Лари

Попытки получить от моего малазийца отсутствующую информацию, привели к получению самой последней (!) версии файла. В этой версии не только нужные диаграммы и таблицы, но и их заголовки со ссылками на Лари уже отсутствовали!

Махнул я тогда рукой на техподдержку и стал внимательно изучать то что получил, плюс даташиты на EEPROM, плюс патенты на CPLD.
В результате появилось понимание процесса и предположения о том, куда в какой последовательности и какие сигналы нужно подавать, чтобы сначала считать из микросхемы параметры её программирования (они существенно отличаются для разных партий), а затем обнулить её содержимое и восстановить JTAG порт.
Что мне и удалось в итоге сделать после нескольких часов экспериментов с паяльником и перебором вероятных алгоритмов.

Вот такая весёлая история!