Суть проблемы:

Если прервать программу точкой останова в обработчике прерывания capture (LPC2294), в регистр таймера записывается значение не соответствующее действительной частоте вращения.
В случае прерывания программы командой Break такого эффекта не наблюдается.

Не знаю какой у вас проц, но у многих настроивается поведение перефирии при остановах, обычно при останове CPU переферия продолжает работать ! с этим может быть много разных проблем особенно если останавливаться в прерываниях.