Приветствую.

Имеется плата собственной разработки, разводки и изготовления на которой стоит CYCLONE EP1C12 планар на 240 пинов. Пытаюсь загрузить конфигурацию с помощью USB-бластера раз пять сбоит не выдает сигнал Config_done. После удачной загрузки до перещелкивания питание загружается без проблем любые конфигурации.

Подскажите в чем может быть проблема, где и что глянуть?

На Вашем месте я бы проверил наличие и номинал подтягивающих резисторов на ногах CONF_DONE, nCE, nSTATUS, nCONFIG, а также проверил состояние ног MSEL[1:0] - они тоже не должны висеть в воздухе.