Вообщем понятно, как всегда единого мнения нет.

Я просто взял да попробовал нарисовать. Из плюсов рисованной схемы - наглядность. Если не доводить это до маразма. Т.е. хорошо, если вся блок-схема помещается на максимум 2-3 "листах". Если листов больше, то тоже ничего хорошего из такой схемы. Из минусов - рисовать сложнее чем писать, особенно редактировать при изменении структуры блоков. Несколько компенсируется тем, что в результате образуется готовая документация. Да и графический редактор в квартусе мне не кажется особо удобным, наверно потому что очень долго уже рисую в оркаде. В нем конечно тоже наверно можно нарисовать top-level, и будет красивее, но привлекать для этого отдельный инструмент по моему не целессобразно, и вообще, что это за бардак получится если каждый будет рисовать где захочет.
Вообщем как и в любом деле - все определяют границы здравого смысла. Схема на 10 листах хуже чем HDL файл. Но и HDL на 3000 строк тоже не подарок. В top-level не должно быть слишком много мелких блоков, и тогда нет особой разницы как делать. Но постороннему человеку по моему в графике проще разобраться.