Хочу научиться работать с МК AT90CAN128 посоветуйте какой стартовый набор (оценочная плата, компилятор, отладчик и тд.) для этого лучше использовать.

Я использовал, не мудрствуя лукаво, предлагаемый Atmel старт-кит DVK90CAN1 - тот, который описан в хелпе к AVR Studio.
В принципе, вполне можно обойтись голым МК и драйвером CAN, т.е. сделать стартовый комплект самостоятельно - ничего там сложного нет, схема DVK90CAN1 имеется там же в хелпе.
Компилятор я использовал WinAVR, и ничуть не жалею. В комплекте с DVK шли библиотеки и примеры - часть я выложил в разделе форума "библиотеки и исходники".
Главная проблема, как мне показалось, в том, что необходимо иметь "образцовый" девайс с CAN, причем управляемый с компьютера - иначе определить причину проблем, без которых вряд ли получится обойтись при разработке своих программ, будет сложновато...

Я когда начинал изучать CAN запаял AT90CAN128 вместо ATmega64 на плату моего-же серийного изделия (2 таких девайса сделал). Там ведь всего-то 2 провода CAN-овских дополнительно пришлось вывести. Сначала я всё это вообще без приёмопередатчиков соединил - одним проводом (диоды шоттки на TxCAN и один подтягивающий резистор).
Кстати рекомендую сразу-же поставить на каждый из девайсов по 3 сверхъярких светодиода. Третий между TxCAN и RxCAN, чтобы светился только когда из линии 0 приходит, а не когда сам девайс передаёт.
Вообще CAN сделан по уму. Приятный в работе интерфейс. Особых затруднений у меня с ним не было.
http://electronix.ru/forum/index.php?showtopic=41548