1. Как указать Спектре что данный класс цепей должен быть разведён только на заданном слое?
2. Можно ли указать проге что дорожки должны конектится к пинам определённого компонента только на определённом слое?

Вы быстрее и качественне сделаете это все руками, чем будете разбираться, что и как объяснять Спекктре, особенно при передаче задания из ПКАДа...

Скорее всего Вы правы.... Странная програмина.... интерфейс непревычен.... даже функции копирования и перемещения как то странновато реализованы, не как у в других программах....