Программирую EPCS4 через JTAG (по документу an370.pdf).
EPCS4 программируется без ошибок, но после не конфигурирует Cyclone, даже после выключения и включения питания платы.
Если у когонить была такая проблема, большая просьба помочь ее решить.

Все нашел сам!
Если кого интересует, проблемма заключалась в следующем:
Надо было в Quartus указать в Assigments\Deviсe точное название ПЛИС учитывая градацию скорости (-6, -7, -8).