Столкнулся с такой проблемой.
Если на плате есть "свободные" Via (соединяющие только области металлизации, находящиеся в разных слоях, и к которым не подходят проводники), то при трансляции в Specctra эти Via исчезают. При возврате в PCAD их тоже нет. Самое интересное, что в dsn-файле они есть. Исчезают они еще до начала трассировки, поэтому никакие ухищрения в DO-файле не помогают. Нашел только единственный метод борьбы с этим: фиксировать в PCAD такие Via. После этого они уже не игнорируются в Specctra.
Может есть другой метод?

Такие переходы и области металлизации удобнее расставлять после трассировки, а чтобы проводники не залезали в эти области установи Route Keepout. В связке Accel<->Specctra это делалось закрашенными полигонами.

Если бы разводил плату с нуля, то конечно так и сделал бы. Но после изменений в схеме пришлось переделывать цифравую часть полностью разведенной многослойной платы с большим количеством переходных отверстий в областях метеллизации на аналоговой части. Поэтому и возникла проблема.