У меня такая ситуация есть AT90CAN128 програмируеться читається вроде всьо работает за исключениям того что когда читаю Chip Signature дает FF FF FF тоисть чип не определен.
Сперва грешил на кварц , хотя осцилографом не вижу сигнало но USART работает правильно, да и програмирюється.
Использую внутрисхемний програматор и ChipBlaster