Использую контроллер CY7C68013A в режиме Slave FIFO. В качестве Master FIFO использую Spartan 2E. Планирую забить в дескрипторах устройства значения класса интерфейса - Mass Storage Device, чтобы в винде использовать стандартный драйвер. FX2LP имеет 4 булки (IN-2,OUT-2).
Достаточно ли будет настроить FX2LP на режимы Auto-IN/Auto-OUT Modes и работать из под винды как с внешним устройством хранения данных?

Auto-IN/Auto-OUT это режимы передачи данных между яжром USB и FIFO без участия процессора, если эти режимы будут отключены процессор должен сам подтвердить данные, в случае IN как только процессор подтвердит данные они будут отправлены из FIFO в USB или удалены из фифо. В случае OUT процессор может отменить принятый пакет.

К Mass Storage Device это никакго отношения не имеет. Все завист где вы будете реализовывать алгоритм Mass Storage Device в FPGA или 51. Надеюсь вы не думаете что прописав нужные дескрипторы получите Mass Storage Device, еще его надо реализовать....

Нет недостаточно. А из опыта работы с этим самым МК скажу одно. Горадно проще будет настроить МК на сквозную передачу через ФИФО и создать свой драйвер для работы, чем реализовывать Mass Storage Device. Не просто чуть-чуть проще. А на много проще.

По большому счету на первое время мне нужна связка FX2LP<->FPGA по самой простой схеме: 2 булки по 512 байт, режим Slave FIFO, FPGA отслеживающая сигналы фифо пуст/полон и драйвер cyusb.sys.
Планирую закольцевать обмен данными в FPGA. В этом случае для FX2LP нужно настроить только регистры как я понимаю, а посылать запросы из консоли CyConsole, верно?



Конечно не думаю! Может есть где готовые исходники для FX2LP? Вы не в курсе?

На web сайте Cypress. Например, вот CY4661 или лучше вот CY4611B - USB 2.0 USB to ATA Reference Design. А более полный список можно получить по этой ссылке, если на указанной web странице в закладке "Related Materials" выбрать "Reference Designs".

Но, по-моему, Вы выбрали сложный путь. Обратите внимание на ссылку "Software and Drivers" в закладке "Related Materials". Одним из важных преимуществ Cypress является именно наличие почти универсального драйвера "SuiteUSB.NET 2.0". Вы можете использовать его бесплатно при создании программного обеспечения для USB контроллеров от Cypress.