Проект написан на VHDL и проверен на ПЛИС Xilinx. Какие могут быть проблемы при переходе на микросхемы других производителей, например Actel?

Прежде всего может быть проблема ресурсов и быстродействия вызванная другой архитектурой кристаллов ПЛИС. Сравните базовые ячейки кристаллов Actel и Xilinx и Вы сразу заметите разницу.

А не будут ли эти проблемы больше связаны с схемами памяти чем с реализацией обычной логоки?

Насчет схем памяти - тут все будет зависеть от того, как в она используется проекте. Если проект изначально рассчитан на распределенную память, которая есть у Альтеры и Зайлинкса, то с Актелом, скорее всего, будут проблемы. А если проект использует большую блочную память, как некоторое хранилище данных, то при переходе с Зайлинкса на Актел проблем быть не должно.