Хочу подключить сабж к микроконтроллеру и кпк с usb-hostom. Видел на сайте драйвера для WM5.
Кто-нибудь занимался подобным? Интересует нужна ли какая-нибудь переработка если вместо подключения к компу c usb подключать к кпк c mini-usb.

Нет, переработок не требуется.
Нужен только правильный кабель mini-usb, или переходник на стандартный USB-A, в котором установлена перемычка, сигнализирующая, что КПК теперь является хостом.
Плюс еще необходимо смотреть величину потребляемого тока устройством от USB, в КПК этот ток, как правило, ограничен.

Если ft232 питаться будет от устройства ничего страшного?

Если только одна ft232, тогда хватит.
К КПК по USB, например, можно мышь оптическую подключить, а вот внешний винт уже не тянет, ему требуется внешнее питание.