1. Какая ISE его поддерживает, в 6.3 их нет. В Какой Foundation их можно найти ?

2. Программируется ли она обычным Parallel Cable 4 или 3 ?

3. Можно ли в нее напрямую bit файл загрузить ?

4. Из какой PROM их обычно грузят ?

ISE пятую берите. По поводу программирования - посмотрите в доке, какое напряжение надо для JTAG: это даст ответ на второй вопрос, скорее всего он будет утвердительным. На третий вопрос ответ утвердительный, ответ на четвертый вопрос наверняка есть в документации. Если нет - посмотрите опять же, какая PROM подходит по напряжению и интерфейсу. Думаю, что любая - напряжение скоре всего 3.3, а интерфейс программирования вряд ли менялся.

Синтез из VHDL и схемный ввод никакая ISE не поддерживает. Если взять сторонний cинтезатор, можно попробовать ISE 4(.2.03) (точно не могу сказать, проверить негде, но Cпартан XL точно поддерживался). Если нужен схематик, ставьте Xilinx Foundation 3.3.08 (вроде есть тут) или 4.1 или 4.2 (что найдете, все равно) в комплекте также идет FPGA Express в качестве синтезатора.
Да, через Slave serial.
Можно через Slave serial.
xc17, xc18, at17 (Atmel) подберите нужную по длине конфигурационной последовательности.

Ок. Примного благодарен.