Друзья, спасите мой моск!
Компилирую одну и ту же программу. Для atmegи8 работает, а для atmegi128 ерунда какая-то!!
Правда в протеусе работает...
Компилятор WinAVR 20080610
Среда AVR Studio 4.14
makefile генерируется студией.

Расшифровку "ерунды какой-то" представьте, пожалуйста. На всякий случай: вы не забыли снять фуз совместимости с мегой103?

Инициализация контроллера правильная для mega128? Используются ли порты ввода-вывода, аппаратные блоки (USART, SPI и др) и какова их инициализация?

Фуз не снимал... А что это за фуз и на что влияет? Ерунда какая-то это когда при выполнении приложенного кода atmega128 дергает только 3й ножкой порта (PA2). При этом порт функционирует нормально (проверено программой вида PORTA++).

Ничего не используется, только дерганье ножками порта.

Этот FUSE переводит М128 в режим совместимости с М103. У неё некоторые регистры располагаются по другим адресам, ОЗУ другое и т.д. Сейчас всё и не вспомню.
А Вы программу компилируете под "начинку" Меги128, а реально в схеме работает Мега103. Это грабли известные, много народу отметины на лбу носит (и я в том числе) . Снимите M103C и всё должно заработать.

PS. Снимите, кстати, FUSE JTAGEN (разрешения JTAG) если Вы его не используете, иначе некоторые линии порта F не будут работать.

Эх уж мне эти фузы мать их перемать!
Спасибо, мужики, выручили!

Да не за что.
А вот после таких вопросов отвечать вообще не хочется.