Вроде как у полигона есть такая галка как Lock Primetives. На что она влияет?
По логике получается что можно удалять отдельные части как кусочки. Вопрос как?

Ну так. Выделил кусочек и удалил клавишей del

А НЕ ХОЧЕТ! ВЫДЕЛЯЕТ ВЕСЬ ПОЛИГОН.

изолированные кусочки выделяет,, целую часть конечно нет, как ей определить, какую част ь целого вы хотите удалить?

Поставьте запрет на те места, где не хотите чтобы был полигон.

Попробуйте принудительно разбить полигон на части Polygon/polygon action/Explode selecter pologon to free...

Explode работает.
ВОт если бы ввели еще инструмент редактирования этих полигонов. Чтобы можно было тягая за точки сделать нормальный по форме полигон. Т.к. замусоливание платы cutout'ами не очень удобно.

Правый клик на полигоне->Polygon actions->Move polygon vertices. Кажется, так.