Реально ли сформировать 622 Мбит поток в Spartan3A для выдачи наружу в стандарте LVPECL_3,3V без использования внешнего сериализатора. И попутно, в какой формат лучше перевести данные (или каким скремблером обработать) для дальнейшей передачи потока через волоконную оптику.

Это будет непросто, как минимум потребуется микросхема с максимальным скоростным индексом. Там нет аппаратных serdes, а в схеме, работающей на 311 МГц будет между триггерами помещаться только один LUT, и все это вероятно придется размещать вручную.

Что, непросто, это я представляю - хотелось бы узнать, реально кто то подобные задачи решал?

Все, что в пределах цифр, указанных в даташите - реально. Сделайте SERDES и отмоделируйте, это не займет много времени, но даст вам понять, насколько ваши силы близки к тому, чтобы реализовать задуманное.

И еще XAPP485 и XAPP486 посмотрите.