Что-то не нахожу в AD - обновить компоненты можно, а заменить на совершенно другой?

В PCB можно прямо в инспекторе заменить footprint. У любого количества компонентов.
Уточните вопрос, еще немного текста.

Можно и там и там.
Если листов много--- проще на PCB и ввести изменения в схему

Если меняет не все а часть-- лучше в схеме Toll/ Footprint manager

Можно и так... я сам сначала промучался, а оказалось всё просто, только ненаглядно или незаметно :)
Заходим в Tools/Update from libraries. Выбираем нужные параметры обновления, жмём next и переходим на 2ю станицу диалога... а вот там... внизу есть незаметная кнопочка choose component...
Вот эта кнопочка всё и заменяет...
У меня была такая ситуация, что я заложил сначала все резисторы и конденсаторы типоразмера 0805, а когда на pcb сопоставил размеры платы и площадь всех компонентов... перешёл на типоразмер 0402 :))))