Используются входы АЦП C0 и C1, другие выводы порта C задействованы на индикацию (светодиоды), часть выводов "в воздухе", когда подается на светодиод меандр, показания АЦП начинают скакать на 3 единицы, напряжение на выводе AVCC падает с 5 до 4,98В. Опорное напряжение на С0, С1 идет от питания, AREF не используется, GND ацп соединен с GND, AVCC через дроссель, и кондер. Вопрос- в чем причина, как устранить.

Цифровые 5 вольт отделить от ИП резистором на неск. Ом + кондюк 10..47мкФ,  дроссель AVCC взять от ИП

Добавлю к уже сказанному, что неплохо бы и индикацию с порта C убрать, от греха, либо измерять при отключенных светодиодах (во всяком случае в момент перключения светодиодов измерять точно не стоит).

Это как раз тот случай, когда фильтрация не поможет, так как помеха одного знака - сказано же: "когда подается на светодиод меандр". Вообще-то от напряжения AVCC показания АЦП зависеть не должны, скорее всего обратный ток по земле от светодиодов создает на шине падение и напряжение земли увеличивается, а значит уменьшается измеряемый сигнал. Землю от светодиодов надо вести к источнику отдельной шиной, а совсем хорошо питать их отдельным источником.


Это можно, а еще там есть noise canceler mode - полная тишина.

AVCC подключен к питанию? Насчёт прыгают показания АЦП - так в даташите прямо сказано, что соседние ноги могут влиять. Надо начинать мерить, когда на выводах для светодиодов одна и та же комбинация.

Зачем ставить резистор, если можно поставить "плохой"дроссель с большим активным сопротивлением. Именно из-за дросселя с сопротивлением 25 Ом были скачки показаний АЦП. Вопрос не в эту тему, как заставить мегу16 100% включаться, опять столкнулся с тем что микросхемы разные, одна работает, а другая включается через раз. Подскажите способы схемотехнические и программные, спец микросхему на сброс не предлагать.

Меги по определению включаются нормально. Через раз только от кривой схемы сброса, кривой разводки или плохого питания. Выложите схему питания, клока и сброса Меги 16. Чтобы можно было предметно разговаривать. А так гадания на кофейной гуще.

Питание переменка 9-14 диодный мост, дроссель, кондер на 100 мкф, кренка на 5 В, кондер на 100 мкф. Сброс- резистор 10К на +5В, кварц 4 МГц, 2 кондера 24 пф, в схеме перед инициализацией ЛСД задрежка 200-500 мсек. В одном таймере есть генератор 3 Гц, который тоже запускается через раз. В общем или сброс или тактовый генератор не запускается.

Помыть плату. Выставить фьюзы в соответствие с даташитом, чтобы они обеспечивали наибольшее время сигнала сброса.

Посмотреть фронт нарастания питания. 2х100мк - не многовато ли? Для чего столько?

Сброс организован не совсем верно. Сброс должен быть резистор 10К, параллельно диод в обратном направлении, катодом на + питания, и от анода диода и резистора на общий провод конденсатор 1мкф. Тогда сброс будет проходить строго после того, как процессор запитан и все переходные процессы закончились. Посмотрите здесь на странице 15, Figure 4-7 http://www.atmel.com/dyn/resources/prod_do...nts/doc1619.pdf

Только в том даташите написано про конденсатор в 4,7нФ, а не 1мкФ.

Если питание - переменка 50 Гц и есть несколько светодиодов, то 100мкФ после моста маловато будет.
Неплохо бы для начала стать скопом на питание до и после кренки.
Видел я однажды питание схемы пульсирующим током... Входной электролит подсох.

Кроме того, отдельно убедитесь в правильности установки фьюзов. Там же и время старта выставляется. Возьмите побольше.
Кристаллы разные опять же бывают - керамические и кварцевые.