Если я правильно понял с описания, то в Platform Flash XL может хранится более одного проекта прошивки. Подскажите пожалуйста, а как выбирать одну прошивку из нескольких доступных, вообще есть ли такая возможность? Возможно ли это делать программно, по какой-то команде или только аппаратно, допустим с помощью джамперов выставлять тот или иной адрес на Flash, испульзуя pull-up резисторы и вычитывать по определенному адресу ту или иную прошивку. И еще вопрос возможно ли проводить переконфигурирования всего или части FPGA во время работы? Если есть у кого-то какие-то соображения или информация буду очень признателен!

Здесь все написано Platform Flash PROM User Guide (UG161).
Можно использовать до 4 прошивок, выбор которых осуществяется по сигналу REV_SEL[1:0].
Желательно по нулевому адресу хранить заведомо правильную прошивку, тогда если прошивка с другого адреса (1,2,3) не загрузится по какой то причине, то автоматически будет загружена прошива с нулевого адреса. Насколько я знаю переконфигурирования части FPGA не возможно.

По поводу частичной реконфигурации прочитайте xapp290 например для начала. У Xilinx эта тема уже давно сделана, только воплотить ее не так-то просто на самом деле, не беритесь за это, если это не является основной фишкой проекта.

А можно ли по желанию загружать не первую прошивку по нулевому адресу, а сразу вторую или третью и т.д.

да, для этого нужно выставить сигналы на REV_SEL[1:0]
00 - 1 прошивка
01 - 2 прошивка
10 - 3 прошивка
11 - 4 прошивка