Вопрос такой.
Как в Allegro сделать две обычные МПП соединенные гибкой ПП?

Flex/Rigid PCB в Allegro - без проблем.
Определи правильно stackup и используй blind/buried vias, если количество слоев на rigid отличается от flex.
Выходной artwork ничем не отличается от обычного случая.

А можно еще чуть чуть по подробней.