Да неважно, как они у Вас включены в цепочку, раз грузится и работает.
Вы должны понимать, что "There are no way to control I/O until the end of the configuration process, unfortunately. You can use DONE signal to control external devices at startup. "
Вот объяснение и возможное решение для Spartan 3. Возможно, подойдет и Вам.
If pin HSWAP_EN is low, all the I/O pins will have pull-up resistors (a few kilo-ohms) during configuration.
If pin HSWAP_EN is high, all the I/O pins will float (high-impedance) during configuration.
You could tie HSWAP_EN high to float the I/O pins during configuration, and then install your own weak pull-down resistors to hold the I/O pins low during configuration.
Вот у человека та же проблема:
http://www.edaboard.com/ftopic263021.htmlПохоже, что ни JTAG, ни CLKDLL тут ни при чем.
Настораживает Ваша фраза "всегда пользуюсь CLKDLL". То есть не новичок в ФПГА. Тогда почему Вы никогда не сталкивались с произвольным поведением пинов во время конфигурации? Любой, кто использует ПЛИС, первым делом наступает именно на эти грабли.