Основной принцип развязки питания для цифровых схем - уменьшение индуктивности соединений между питающими пинами чипа и конденсаторами.
Рассмотрим 4слойную плату:
signal
ground plane
power plane
signal
Внутренние слои образуют конденсатор малой емкости, но и с малым ESL (естественно чем ближе слои друг к другу - тем лучше). Нужно подключить питающие пины чипа к слоям питания с помощью соединения с наименьшей индуктивностью (т.е. прямо с пада на переходное, идущее на plane, можно не одно переходное). С этого внутреннего кондера чип будет брать энергию в первую очередь. Для поддержания заряда на внутреннем кондере ставим керамику и соединяем точно также - напрямую с пада конденсатора (например 0402) на слой питания, можно несколько переходных.
Неверным является подход, когда ведут дорожку с переходного на кондер, а потом на пин чипа, т.к. индуктивность такого соединения выше чем в описанном выше варианте, и, соответственно, power integrity у Вас будет хуже.
Вот на этом и основывается выбор варианта два, хотя его можно улучшить.
High-Speed Digital Design доктора Джонсона Вам в помощь (есть на фтп)