Вопрос по режимам установок GSM-модулей
В каких случаях какой формат лучше применить (с UCS2 понятно)
"GSM","HEX","IRA","PCCP","PCDN","UCS2","8859-1"
Это принципиально для SMS или не только?

Имхо для смс латинницей - HEX, не будет проблем с CR-LF.
Для кириллицы - UCS2.
Насчет телефонной книги - не знаю.

Правильно ли я понимаю, что SMS может прийти в любой из перечисленных кодировок (например, от телефонов старых моделей) и надо программно переключать режимы, что правильно прочитать? Или это способ послать "зашифрованную" в определенной кодировке SMS на другой аналогичный GSM-модуль?

Нет. SMS придет в модуль, а Вы вольны решать, в каком формате её получить. Смотрите AT+CSCS.